Ida-Harju Koostöökoja juhatus on 9 liikmeline. Juhatuse liikmed on kõik eraisikud (st ükski juhatuse liige ei esinda juhatuses mitte ühtegi kolmandat organisatsiooni) ja esindavad juhatuse liikmetena Ida-Harju Koostöökoja parimaid huvisid.
Juhatuse koosseisu kinnitas 2. mai 2024 üldkoosolek järgnevalt:
- Merle Pussak
- Marge Raja
- Maarja Sikut
- Vello Einland
- Erkki Karjamaa
- Tõnis Väli
- Õnnela Metsaorg
- Anne Oruaas
- Reinar Tõruke
Varasemalt on Ida-Harju Koostöökoja juhatusse kuulunud:
- Kristel Kadapik (2019-2024)
- Sille Noor (2014-2024)
- Alari Kruusvall (2019-2024)
- Anu Nutt (2008-2010)
- Jaanika Toome (2008 – 2014)
- Arvo Rodi (2008 – 2014)
- Ülle Rink (2008 – 2019)
- Lydia Kruusmann (2008 – 2019)